Os princípios de programação que ratificam a política de Investigação e Inovação para o período 2014-2020 estão descritos no Acordo de Parceria (Portugal 2020) adotado entre Portugal e a Comissão Europeia. A Estratégia de Investigação e Inovação para uma Especialização Inteligente é crucial para o financiamento público da investigação e inovação em Portugal por se constituir como condicionalidade ex ante do Acordo de Parceria para as prioridades de investimento em investigação e inovação. Trata-se de uma estratégia multi-nível onde a Estratégia Nacional de Investigação e Inovação (ENEI) compreende os desafios nacionais e o seu alinhamento com as sete estratégias regionais.
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