Como resposta aos desafios identificados no Diagnóstico do Sistema de Investigação e Inovação – Desafios, forças e fraquezas rumo a 2020, elaborado pela FCT em 2013, foram identificados cinco objetivos estruturantes e cinco eixos temáticos que agrupam as 15 Prioridades Estratégicas Inteligentes onde Portugal revela vantagens competitivas existentes ou potenciais. Deverão servir de base à formulação de programas estratégicos de mobilização das medidas de política e de instrumentos programáticos nacionais no período 2014-2020.